Последние комментарии

жестких доказательств нет что все началось именно с Китая. Если бы это был новый штамм гриппа, который мониторится в принципе и тесты есть и диагностика поставлена, то проблем с однозначностью оценки не было бы.

Но в нашем случае выявление инфекции шло параллельно с разработкой диагностикумов и разворачиванием системы лабораторной диагностики...  Что на самом деле отражает рост числа сулчаев COVID 19 на самом деле , однозначно установить сложно. 

Как человек вскрывший много тысяч трупов, и посещающий ежегодно по нескольку очагов инфекционных заболеваний я склонен считать, что в стоках в 2019 годлу вирус вполне мог быть. Довольно много коссвенных данных свидетельствуют в пользу этого. 

Аргументация на тему что все началось в Китае синхронно с первыми сообщениями об инфекции, не выглядит убедительной. Мы однозначно можем утверждать - инфекция появилась ДО ТОГО как она впервые была обнаружена!!! Вот это действительно так. Это ВСЕГДА так!! А насколько раньше инфекция появилась, утверждать сложно.

Тем не менее, вероятность контаминации двумя разными ампликонами одной и той же пробы, мала.  Результаты ПЦР непротиворечивы - было выявлено малое содержание вирусной РНК (в одной и той же пробе), наиболее чувствительными системами (двумя!), другие тесты менее чувствительны и, закономерно, не выявили вирусную РНК. В этом противоречия нет.   

На начальной фазе эпидемического процесса уровень инфицированности маленький и, со временем, он растет. Соответственно, чтобы в сточных водах появился вирус в ДЕТЕКТИРУЕМЫХ количествах должно пройти достаточно много времени т.е. больше месяца (лучше конечно посчитать)! В отличие от индивидуального тестирования, когда может повезти и попадет тот единственный инфицированный из сотни... В сточных водах вы увидите результат ТОЛЬКО после достижения критической массы зараженных. 

Авторы статьи увидели рост числа копий вирусных РНК за 40 дней до первых официально зафиксированных случаев... то есть уже к этому времени вирусовыделителей должно было быть больше 1% (я могу поискать расчеты на эту тему, если нужно).. Мы однозначно можем утверждать что вирусовыделители в городе были КАК МИНИМУМ за 2 месяца до официального выявления..  Это если мы не будем рассждать о сезонности.  Даже в свер переуплотненных птичниках и свинарниках, вспышке предшествует несколько месяцев, колебаний спорадической заболеваемости. Для сезонных инфекций речь может идти о предыдущем годе.. когда начинается накопление нового штамма, но манифестация и дальнейшее распространение, временно, торомозится сезонными факторами. 

В условиях неопределенности НЕДОПУСТИМО принимать управленческие решения ТОЛЬКО опираясь на официально установленные факты. Надо исходить из худшего варианта. Оптимистические версии что в РФ вирус еще не дошел, что мы будем сверх эффективны и ковида у нас не будет.. ОНИ БЫЛИ, ЭТИ ВЕРСИИ..(мы все значем чем этот оптимизм закончился..) .

Это как лечить ковид опираясь на устаревшие инструкции для ОРВИ (надеюсь понятно уже  - многие методы лечения именно ОРВИ вредны для больных ковидом или надо еще дозреть) игнорируя результаты научных исследвоаний, РКИ и т.д.  Надеюсь, что в нашем сообществе накопилась критическая масса людей прочувствовавших на своей шкурке последствия оптимизма и консерватизма чиновников?   Можно подождать еще. Рано или поздно у нас умрет достаточное количество хороших знакомых и близких, чтоб мы начали думать рационально, стремясь найти решение проблемы..

3.04.2020. Nature. More than a dozen research groups worldwide have started analyzing wastewater for the new coronavirus as a way to estimate the total number of infections in a community, given that most people will not be tested. The method could also be used to detect the coronavirus if it returns to communities, say scientists. So far, researchers have found traces of the virus in the Netherlands, the United States and Sweden.

IP2 IP4 не верифицируются остальными ПЦР тестами, но и из остальных данных следует что тесты на IP2-4 или более чувствительны или менее специфичны. 

Ученые выявили вирусную РНК за 40 дней до первого официально выявленного случая... а какая часть населения должна быть заражена, чтобы можно было выявлять вирусную РНК в сточных водах с учетом разбавления? Учите пожалуйста еще что вирусная РНК выделяется с фекалиями примерно 5 лог10 на грам... да еще и не у всех...  Сколько следует добавить времени на накопление критической массы вирусовыделителей? Месяц - два - три?  Вот в РФ штамм дельта начала выявляться в апреле, например, болеть мы начали летом...  

Из наших наблюдений - люди заболевали после сенсибилизации предшествующей появлению острого течения за 1-1.5 месяца, сегодня уже есть статьи других авторов которые тоже об этом говорят..  

С моей точки зрения, вероятность того что это не контаминация и не неспецифика выше чем вероятность того что вирус не был в 2019 году. 

Категорические ответы типа ДА, в такой ситуации выглядят неумно (вы хотите выставить меня дураком или разобраться в ситуации?), а категорические ответы типа НЕТ - преступно т.к. за ошибочное -нет люди платят жизнями.  

У медиков появилось такое - тест на инфекцию может быть или положительным или отрицательным или невалидным. Поняте сомнительная реакция видимо ушла из медицинской практики. Но, если медики отклоняются от медицины в сторону юриспруденции, то это их проблемы.

Результаты сомнительны, но эпидемиологи обязаны их принимать во внимание и действовать исходя из того что они МОГУТ быть положитеьны с достаточной вероятностью.  

почему бы и нет? Обычно их так и хранят. Вернее препараты из стоков. Это не является чем-то новым. Берутся стоки, чистятся ... методом ультрафильтрации , например.  Смотрят периодически на всякие патогены. Удобный интегральный метод. Кстати РНК скорее всего, в чистом виде не сохранится, а вот в составе вирусных частиц  -вполне.  Применительно к коронавирусам, при электронной микроскопиии кишечного содержимого мы видим их намного чаще, чем где- либо еще. То есть коронавирусы достаточно устойчивы к бактериальной деструкции..Должны сохранятся достаточно долго. В США в стоках 19 года, хранящихся при -80С не нашли, например.

мы ведем себя как чиновники. Сами ограничиваем себя.  Сейчас мы виноваты в том что не нашли новую инфекцию под названием ковид 19, не обнаружили своевременно новые штаммы SARS CoV2, не разработали своевременно новые методы и средства лечения и т.д. Если такие рекомендации будут выданы минобру то ответственность будет уже на нем. 

В случае с эмерджентными инфекциями это не редкое событие, просто невозможность менять тему делает бессмысленным их изучение (они появляются быстро, но и исчезнуть могут быстро или их проявление перестанет быть достаточно ярким). Остальные события тоже быстропеременные (извержение вулкана, цунами), поэтому наука не имея возможности их изучать не изучает их вообще.. Понятно что эпидемиологи в принципе могут найти лазейки, а вот инженеры-физики-химики (если к ним обратятся за помощью - уже нет).

Ну вот появятся такие возможности. Это вообще может быть внутренний циркуляр только минобра. Захотел поменять тему - направил запрос мионобру (если твое учреждение входит в эту структуру) или профильное министерство отправило запрос минобру. И пусть желающие меняют тематику.  В чем тут сложность? 

Вы и ваши дети и внуки могут умереть и умирают просто потому что кому-то лень что-то менять. Мы это заслуживаем - но дети и внуки.. наверное нет. 

я кажется изначально пытался говорить о неопределенности текущей ситуации. Мы с Вами не имеем оснований утверждать что все началось в Китае - ЭТО ОСНОВНОЙ ТЕЗИС!!!  Любой наш вывод носит вероятностный характер.

в сточных водах проводят мониторинг данного вируса и других тоже и находят. 

https://www.mdpi.com/2076-0817/10/7/798/pdf

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7225404/

https://www.nature.com/articles/s41598-021-84914-2

в твердых осадках встречаются упоминания о концентрации до 10 в 3 степени на грам

в сточных водах до 10 в 1 на 1 мл

в свежих фекалиях обычно это 5 log10 на грам (там скорее всего детектируется именно упакованная в вирусные капсиды РНК вируса, в отличие от носоглотки геномной и субгеномной РНК(8 log10 на мл)). Думаю , вы и сами догадаетесь -почему?

Разница между вирусной нагрузкой и количеством копий РНК вируса примерно 3-4 порядка во внутренних органах и носоглотке

Можете посчитать - какой должен быть уровень реальной инфицированности горожан, чтобы обеспечить такие концентрации вируса в сточных водах.

Есть публикации об отсутствии РНК SARS CoV2 до 2020 г. есть о наличии. Используемые методики пробоподготовки неплохи (более надежны чем рутинные методы выделения РНК) 

поэтому результаты о наличии РНК SARS CoV2  в сточных водах в 19м году в Европе не противоречат другим коссвенным данным. 

Если бы я работал эпидемиологом в Европе то я бы сказал -  ДА! Вероятность, что эти данные точны достаточно высоки для принятия управленческих решений. 

Прейскурант из письма, полученного мною на рабочий e-mail. Часть мест уже продана!

и  вроде  как    умеете  ПЦРить  -   то  ссылка  17  Супотницкого.   Таки  есть  там   вирус  в  сточных  водах   осенью  19 ?   Конкретный   вопрос  -  конкретный  ответ.  ДА\НЕТ   -  посмотрев  на   статью. 

Здесь на сайте есть опрос "Следует разрешить менять тематику гос. задания при возникновении ЧС, эпидемий и др.?"

"

собрал 54% голосов.. За вариант "это не в компетенции ОНР.." пока не проголосовал никто. 

Следует ли нам выработать рекомендации для министерства образования и науки по процедуре смены тематики при возникновении быстропеременных явлений, обладающих большой социальной или научной значимостью, включая эпидемии?

Поздравим новых сопредседателей: Николая Сергеевича Перова и Антона Павловича Тюрина и пожелаем им успехов. В то же время сейчас удобный повод озвучить мнения участников форума о самых важных и срочных делах, которыми нужно заняться Совету ОНР.

Я знаю, что не решен еще вопрос о новом казначее ОНР. Но это наш внутренний вопрос. А какие сейчас у ученых есть проблемы, где ОНР могло бы что-то реальное сделать?

Очень    рекомендую  ссылочки   8,  9  и  10   в   этой  статье.  Именно   Вам    -    ссылку  8.   Надеюсь,     что  поймете  почему.   Ну  и  ссылку   9   -  найдите  там  Милан с  Турином.  И  10   -  опять  же  сами   догадаетесь. 

Дальше   читать  Супотницкого  не  интересно. 

1. Я написал про Европу и РФ что там, очевидно, инфекция появилась раньше, чем это было установлено официально (и уж поверьте моему опыту - почти ВСЕГДА инфекции появляются до их ОФИЦИАЛЬНОГО выявления). 

2. По этой причине мы не можем утверждать что в Китае инфекция появилась раньше чем в Европе. Может быть просто китайцы лучше работают с инфекциями и эффективнее их выявляют (что, кстати говоря - так). Если У Вас есть какие-то аргументы то мне по прежнему хочется их увидеть. 

С моей точки зрения - нет абсолютно никакой нужды чего-то там варить в США. Управлять эпидемическими процессами можно и без вовлечения генной инженерии ( по большому счету, плевать про достижения в области генной инженерии коронавирусов,  США в нулевых.. ). Риски генной модификации именно коронавирусов в плане нестабильности эффектов слишком уж велики и хорошо известны. Я не думаю что в США есть такие дебилы, которые бы взяли за основу биологического оружия именно коронавирус (не решив предварительно проблему защиты, вакцинопрофилактики, стерилизующего иммунитета и т.д.). Герпесы, возможно - да.  парамиксовирусы - тоже бы не исключил. Может даже с ротавирусами нашлись бы желающие пошалить или парвовирусами.   

Тем не менее в нашей стране должны быть люди которые ОБЯЗАНЫ думать что это биологическое оружие и проверять. Тем более, что сейчас то знаний об инфекции более чем достаточно и штаммы в избытке, любая маленькая страна может создать и применить и никто, ничего не заметит... Поэтому, инфекционисты эмоционально исключающие возможность применения биологического оружия - некомпетентны. 

Из присланных Вами материалов не следует что межвидовой переход эпидемического варианта SARS CoV2 состоялся именно в Китае. Летучие мыши живут не только в Китае, неведомое промежуточное звено тоже может быть не в Китае или иметь достаточно широкий ареал проживания (я к слову, допускаю мысль что это были птицы, https://elementy.ru/kartinka_dnya/1150/Ptitsy_protiv_letuchikh_myshey).  В приведенном Вами источнике тоже есть мысли о длительности эволюционных прецессов, не укладывающейся в темпы эволюционной адаптации SARS CoV2 у человека. Очень уж маловероятно что был именно скачкообразный процесс адаптации к новому виду, обеспечивающий инфекционность.

Обычно межвидовой переход сопровождается сначала ограниченной эффективностью передачи инфекционного агента внутри нового вида. Требуется дополнительный ряд адаптивных мутаций, повышающих контагиозность для нового вида (продолжнение этого процесса мы наблюдаем сейчас... даже при уже имеющихся объемах вирусной биомассы речь идет о годах...). То есть это двухфазный процесс, как минимум. А если мы говорим о длительности времени/размерах вирусной биомассы то тут смена региона более чем возможна.  При условии природного происхождения вируса, или мы должны иметь очень немаленькую численность вида явившегося источником заражения людей (летучие мыши , пожалуй тут не очень переспективны) или это требовало много лет (тогда все эти филогенетические деревья никак не гарантируют того, что эволюция нового вируса протекала только и исключительно на территории Китая). Кстати, узкое разнообразие штаммов SARS CoV2 на территории Китая вполне может быть связано именно с попаданием одного штамма вируса из множества, на территорию страны, что и обеспечило высокий уровень клональности. 

Красивые дендрограммы, показывающие плавный рост биоразнообразия от единичной предковой формы тоже не аргумент. Может Уханьский штамм на самом деле был Дрезденским или Новосибирским (но найденным в Китае), и что бы изменилось в топологии этих деревьев? В Китае резко ограничены возможности дальнейшего роста биоразнообразия вирусов (то есть даже по этой причине, собрав единомоментно кучу штаммов в разных точках мира мы увидим некую консервативную (предковую?) форму из Китая - какие выводы тут можно сделать?).

В принципе, может наши власти правы в ликвидации инфекционных лабораторий. Вот были бы мы лучше Китайцев в обнаружении новых вирусов.. нашли бы первыми патогенный новый вирус и нас бы обвинили что этот вирус появился на нашей территории... А так - все шито, крыто и экономично :)) 

Если обратится к присланным Вами же источникам то мы там тоже найдем разные версии происходящего....

Given the rapidity of the spread from December of 2019 on, SARS-CoV-2 appears

extremely well adapted to humans in the very beginning of the pandemic (Hu et al., 2020).

Others include sporadic occurrences of COVID-19-like cases in the earlier months of 2019 as well as traces of SARS-CoV-2-like materials in the environments in diverse geographical areas (La Rosa et al., 2021; Randazzo et al.,2020). Although such evidence is difficult to evaluate in retrospect, invasions from PL0 must have failed many times before a successful hit at PL1, due to the high stochasticity in

the early stage of invasions (Ruan et al., 2021a; Ruan et al., 2021b). It is also known that diverse coronaviruses exist naturally in bats, and that these families have ranges which stretch over the entire old-world, providing many opportunities for spillover events to occur (Zhou et al., 2021).

Ну  вот   совсем  свежак.  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34269976/

Также высылаю журнал со статьей Супотницкого (а он далеко не дурак). Я намеренно не говорю о антителах, о ПЦР позитивных материалах т.к. прекрасно представляю контраргументы на предмет специфичности, контаминации и т.д. сам это прошел. Тестирование одних и тех же проб на разных системах тоже не аргумент... эпидемиологические особенности, результаты математического моделирования - да ктож им поверит. Сходность клинических паттернов  свойственных ковиду (весьма экзотичных, согласитесь) это абсолютно не аргумент. Плавный переход роста заболеваемости коронавирусными пневмониями в рост заболеваемости ковидными пневмонитами - случаное совпадение.  

То, что правильнее исходить из худших версий происходящего.. для минимизации рисков, слишком уж сокрушительных ошибок... Наверное и тут мы должны отказаться от такой , психологически некомфортной, стратегии. Правильно?

Например, гипотеза роспотребнадзора о том что в 20м году РФ была чиста от ковида и вирус попадал только и исключительно из-за рубежа.. в итоге стоила очень дорого нашей стране (при условии, что они реально так думали).

Если правильна официальная версия происходящего, то деятельность Роспотребнадзора оказалась сокрушительно неэффективной. Обладая огромной форой по времени, имея возможность учится на ошибках Китайцев, Европейцев и Американцев (+ использовать их наработки в лечении, диагностике + обладая немалой изоляцией от остального мира, исключительно низкой горизонтальной мобильностью населения, огромной территорией с территориально разобщенными муниципальными образованиями, одной из самой больших в мире насыщенностью ПЦР лабораторий ) КАК же это мы умудрились допустить распространение эпидемии по абсолютно всем нашим областям?!!! Рост спорадической заболеваемости был синхронен.. и тогда и сейчас.. это как?!! Где эпидемическая волна?   Даже в Африке процесс шел медленнее, в целом. Чем это мы хуже Австралии или Вьетнама? Я далек от мысли что наши власти клинические идиоты. Вот на имитацию бурной деятельности поверх уже распространившейся эпидемии это больше похоже (к слову, обычно этот ак и происходит, например, резкое распространение в 2005м году C.psittaci, было замечено медиками в 2010м, к 2012-2015 начали активнеее контролировать и возникла иллюзия роста заболеваемости (на фоне роста объемов исследований и вот где-то к этим годам система мониторинга развернулась, но факторы приводящие к этим проблемам они пока не нашли.. а того кто нашел его застрелили еще в 2005м..)) такие проблемы у нас привыкли изучать тихо, подпольно, без огласки (увольняя тех кто чего-то там официально вздумал найти).