Последние комментарии

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Новый элемент генома

    Завершая неинтересную конспирологическую тему, скажу лишь, что одно не исключает другое: например, шип модифицировали, а точечные мутации возникли позже, в результате естественнеой эволюции.

    Гораздо интереснее находка, что геном covid19 содержит вставку (polybasic cleavage site), которой нет у других подобных вирусов. Назначение её неизвестно. Предполагается, что она возникает при передаче между людьми.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Ну нет в геноме COVID-19

    следов  генно-инженерных  манипуляций.    Очень  просто  переставить  ген  из     А  в   Б  -    но    сложно  внести  панель  точковых    замен.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Продолжаю читать

    Они сравнили геномы и шипы у вирусов из летучей мышки и ползучей ящерицы и получили, что мышкин вирус похож на covid19 целым геномом (96%), но отличается шипом и не связывается с человеческим рецептором, а у ящерицы геном другой, зато шип подходящий, и вот поэтому covid19 есть результат естественного отбора - и опять не понял, почему. Казалось бы, бери любой коронавирус и модифицируй его шип, что сделать, как пишут, совсем просто, и вот вам новый враг народа. Ведь вирус убивает не какими-то ядами, а самим фактом своего быстрого размножения в клетке, так что шип (и ген, который кодирует его белки в сайте связывания с рецептором) - это главное его оружие.

    Прошу прощения за эти мало кому интересные подробности. Приятных просмотров роликов на ю-тубе!

  • 4 года 11 месяцев назад

    Например, там говорится, что covid19 умеет хорошо связываться с рецептором ACE2 человеческой клетки, как и прежний SARS, но шипы, которые связываются с АСЕ2, у них разные. На этом основании делается вывод, что covid19 имеет естественнеое происхождение. Странная логика!

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: А зря.

    Полтора часа - не так много, а советы реалистичные и полезные.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Заработало

    Но на 1,5 часа меня не хватит, а последние 4 мин я не понял, о чём. Видимо, уже не соображаю.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: У меня тоже работает

    Спасибо, Петр Андреевич! Очень реалистичное изложение ситуации.

     

  • 4 года 11 месяцев назад

    .....

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Не открывается

    Ролик не вижу.

  • 4 года 11 месяцев назад

    Да, в Ю. К. критичным оказался 31-й заражённый: с него началась эпидемия (ссылку не помню).

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Удивительно?

    Не понимаю этого открытия: длительный контакт с носителем опасен, что тут нового? И без математики очевидно.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: И анекдот в тему ...

    ***
    Испанская учёная-биолог:
    - Вы платите в месяц миллион € футболистам и 1800 биологам. Теперь вы хотите вакцину. Ну так идите к Рональдо или Месси - они её вам отыщут.
    ***

  • 4 года 11 месяцев назад

    www.youtube.com/watch?v=8zak...

    Очень  позититвный   ролик.  Во-первых,  все  по  делу  с  точки  зрения  медицины. 

    Во-вторых,  с  разумной   долей   иронии. 

    В-третьих,   -  стихи в   конце.    Если  нет  желания  смотреть весь  роли  -  последние    4  минуты must  see. 

  • 4 года 11 месяцев назад

    то есть способность заражать других очень сильно варьируется, и даже короткое общение может стать опасным:

    https://ria.ru/20200327/1569188203.html

    Но тем важнее умение отслеживать контакты.

  • 4 года 11 месяцев назад

    Jomar F. Rabajante, Insights from early mathematical models of 2019-nCoV acute respiratory disease (COVID-19) dynamics:

    https://arxiv.org/abs/2002.05296

    Интересный обзор нескольких моделей распространения коронавируса: 

    The model shows that the exposure time is a significant factor in spreading the disease. With a basic reproduction number equal to 2, and 14-day infectious period, an infected person staying more than 9 hours in the event could infect other people. Assuming the exposure time is 18 hours, the model recommends that attendees of the social gathering should have a protection with more than 70 percent effectiveness.

    Оказывается, что именно длительность общения с зараженным имеет первоочередное значение. То есть видимо то, что мимо вас на улице прошел носитель короновируса не имеет значения, вирус не перепрыгнет за минуту, а вот 1-2 рабочих дня в одном помещении с носителем будут очень опасными. Вспомним "Diamond Рrincess". Это также означает, что мытье улиц, вагонов метро, закрытие магазинов, транспорта - занятие бессмысленное, а вот тшательное отслеживание и изоляция (самоизоляция) длительно контактировавших с носителем - великое дело, как и выполнение огромного числа достоверных тестов. Таким образом, успешная тактика Южной Кореи получила свое математическое объяснение.   

  • 4 года 11 месяцев назад

    К сожалению, ситуация с коронавирусом выявила кучу проблем, среди которых изготовление тестов – не самая большая. Тест-наборов, вроде как только у нас в стране производятся и тестируются 4 варианта. В Минздраве заявляли про производство 150 тыс. тестов в день. Наши чиновники хотят «догнать и перегнать Запад» и как ориентир, видимо, взяли Германию с их объёмами тестирования. Благое намерение, но даже если в России оперативно наладят огромное производство этих наборов – дальше-то что? Недавно слушал радио, сообщают что в Екатеринбурге в день обрабатывают «порядка 700 тестов» – это примерно 8 плашек. Предположим, что на одной ПЦРнице работает 1 лаборант и всё раскапывает вручную одноканальной пипеткой. Выходит, на весь Екатеринбург имеется максимум 4 лаборатории (ну не верю я что можно за день меньше 2 плашек прогнать). И это – в мегаполисе! Цифра похожа на правду, т.к. в столице власти планируют «дополнительно запустить 4 лаборатории для диагностики коронавируса». Выходит, в обычных провинциальных обл.центрах есть в лучшем случае 1-2 лаборатории, способных прогонять по паре плашек в день. Будем оптимистами и предположим, что на Россию наберётся пара сотен таких лаб – выходит, что максимум сколько в стране можно провести – примерно 40 тыс. тестов. Куда девать ещё порядка сотни тысяч наборов? Таких объёмов невозможно освоить не только физически, но и, образно говоря – и физиологически. Конечно, можно выделить помещения, закупить оборудование и, о ужас эффективных манагеров - нанять ещё лаборантов – но это долгая история, с лицензированием и сертифицированием. Хорошо, даже если решить всё и делать по 100 тыс. тестов в день – то возникает другая сложность. А именно: после «оптимизации» системы здравоохранения у нас фактически загублена система шаговой доступности медицинских услуг. Например, я когда приехал на работу в наш Институт – в районе было 3 больницы, теперь осталась 1 (!). И это довольно богатая Ярославская область, всего-то 300 км. от Первопрестольной! На моей родине, в Костромской области, после создания окружной больницы к ней прикреплён контингент аж ещё двух районов! Вот и прикиньте – у нас сейчас на район работают только 5 бригад скорой помощи. Сколько у них займёт сил и времени забрать ещё и образцы на коронавирус от, скажем, тысячи человек? Потом их надо как-то транспортировать в обл.центр – как? Гонять УАЗик-«неотложку» хотя бы через день за 200 км? Так у нас "скорых" не останется вовсе уже через месяц – просто рассыплются вместе с водителем и фельдшером. Далее – выявили коронавирус, что делать с больным? Аппаратов ИВЛ только 2 штуки на больницу, а после «оптимизации» единственная наша рай.больница и так переполнена (конечно, никаких индивидуальных боксов нет и сделать их невозможно). И такая же ситуация – по всей стране, уж по провинции-то я поездил достаточно. Да, есть «путинская» больница в Коммунарке – но это же просто «потёмкинская деревня» на фоне всей остальной страны! Так что проблема вырисовывается комплексная, связана с организацией всей системы здравоохранения, и начинать надо с первичной. Это требует долгой и кропотливой работы, гораздо сложнее чем наладить выпуск тестов.

     

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Приношу извинения

    К сожалению, я распространил ложную информацию. Почитав статью Nature 2015 повнимательнее, я переменил точку зрения и прошу Михаила Сергеевича уточнить, прав ли я хоть теперь или опять что-то напутал. Итак, патогенный вирус SARS имеет белок, обеспечивающий его присоединение к клетке человека, а у китайского вируса SHC014, – как и у всех коронавирусов, живущих в популяции летучих мышей, – есть похожий белок, но не совсем тот, и поэтому он не опасен для человека. Однако есть основания предполагать, что этот «недостаток» может самоустраниться путём мутации, и тогда спрашивается: будет ли мутант патогеном и будут ли тогда на него действовать лекарства и вакцины, применяемые против SARS? Чтобы ответить на эти вопросы, авторы адаптировали оба вируса так, чтобы они прикреплялись к клеткам обычной (mice), а не летучей (bat) мышки. Другими словами, они синтезировали два новых вируса, патогенных для мышки, но не для человека. Оказалось,… ну и т.д. Опасность этих вирусов для человека, конечно, существует, но она не больше, чем у природных штаммов, поскольку и для синтетических вирусов мутации никто не отменял.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Инициатива Elsevier

    Announcing the author resilience center

    A collection of resources to support you during a difficult time:

    https://www.elsevier.com/authors/journal-authors/misc/author-resource-ce...

    Спасибо, Elsevier !

     

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: матмоделирование
    Автор: В.Н. Потапов

    Конечно в Новосибирске есть специалисты в области матмоделирования различных естественных процессов. Например, в НГУ есть лаборатория https://www.nsu.ru/n/research/divisions/mathematical-sciences/1719943/  основными направлениями исследований которой являются "создание новых математических моделей теории упругости, электродинамики, акустики, астрофизики, иммунологии, эпидемиологии, фармакокинетики, экономики и социальных процессов". А в списке основных результатов прошлых лет имеется пункт "исследована простейшая модель инфекционного заболевания, которая характеризуется параметрами иммунитета и заболевания."

  • 4 года 11 месяцев назад

    Несколько лет назад (5-7) в университете Франкфурта-на-Майне попал на семинар, на котором докладывалась работы по моделированию разноса инфекции на основе данных об авиаперелётах.  В моделировании были учтены почти все регулярные рейсы в мире. Давались примеры для конкретных аэропортов. Сейчас появились обширные статистические данные, можно извлечь необходимые параметры и коэффициенты. Есть исследователи, которые могут спрогнозировать ситуацию.

    Но тут как и с нашими показателями публикационной активности - чиновники не читают научную литературу и не вникают в научные результаты. Вы можете представить, чтобы вместо неуклюжих пресс-релизов роспотребнадзора с тривиальными советами чаще мыть руки, появились серьезные тексты с прогнозами развития эпидемии, оценками потребности в медоборудовании, персонале на ближайшие две-три недели?   Я не могу это даже представить...

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Модели эпидемий.
    Автор: А.Л. Фрадков

    Василий Николаевич, что Вы такое говорите! Как это нет у вас математиков: есть Институт математики им. С.Л.Соболева (не говоря уже об НГУ). Очень сильный институт, у них был мегагрант - уж я-то знаю. Почему бы Вам не позвонить или написать, например, Владимиру Николаевичу Потапову, активному участнику сайта ОНР и не обсудить, кто в ИМ СО РАН мог бы заинтересоваться такой задачей в свободное (пока) время? Математики могут взять известные модели (SIR или SEIR) и на основании ваших данных модифицировать их. На самом деле модель сейчас всех интересует распределенная, и даже проще - сетевая. Каждая страна - узел сети, а коэффициенты связи узлов подстраиваются со временем на основании данных, которые по странам имеются. Конечно, точного прогноза не выйдет, но тенденции можно попробовать поймать. Я понимаю, что Ваши иммунологические модели - это другое, но с ними также можно разобраться, были бы данные. В общем, если есть два соруководителя - прикладной математик и эксперт, то задача моделирования решается. 

  • 4 года 11 месяцев назад
    Автор: С.Л. Шишкин

    https://www.facebook.com/mikhail.gelfand/posts/2907921469329486

    "Было велено поубедительнее высказаться на тему злых/глупых ученых. Высказываюсь. (1) Сначала была теория, что в вирусе SARS-CoV-2 (далее Вирус) есть вставки из вируса HIV. Оказалось, что авторы избирательно репортировали результаты, вставки короткие на уровне статистического шума, такие же вставки есть в других коронавирусах, а также в белках множества животных и растений. Авторы отозвали статью. (2) Потом была теория, что Вирус похож на вирус летучей мыши, который изучали в Том Самом Институте (и опубликовали последовательность - можно сравнить), потому заражение было не на рынке, а в лаборатории. Не получается - слишком много различий, чтобы объяснить их и случайной эволюцией, и направленными мутациями. (3) Потом была теория, что сбежал рекомбинантный вирус (ген S-белка вируса летучей мыши был вставлен в аттенюированный SARS, способный размножаться в клеточной линии мыши). Опять не получается - много различий. Тут в качестве дополнительной конспирации написали, что последовательности рекомбинантного вируса нет в Генбанке - так и не должно быть, в Генбанк давно не закладывают последовательности конструктов, сделанных из известных частей - потому что незачем. (4) Писали, что в Италии ходит особо злобный штамм, завезенный туда, видимо, злыми китайцами - в Италии зарегистрировано несколько штаммов, они не образуют единой клады на филогенетическом дереве, надо грешить не на штамм, а на какие-то культурно-медицинские особенности. (5) Писали, что в последовательности Вируса видны следы манипуляции (фрагмент в несколько аминокислот, похожий на аналогичный фрагмент панголина, и сайт узнавания протеазой), которые, возможно, делают его более вирулентным для человека. Утверждения про последовательность верны, про манипуляции - нет, по следующим причинам (которые я уже приводил): (а) если это манипуляции в злобных целях, никто не публиковал бы промежуточные работы - конструкция теории заговора оказывается внутренне противоречивой; (б) если это манипуляция в исследовательских целях, то ее не было, потому что ее никто не делал, потому что она никому не нужна - и, кроме того, просчитать, какие именно замены ухудшат вирус (почему панголин?), никто не умеет. Кажется, я ничего не забыл. Ах, да, была еще теория, что вирус прилетел на метеорите (действительно была), но это уже другая история. <..> Disclaimer: я не гарантирую, что буду отвечать на любой и каждый комментарий."

    https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1733440

    https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf

    https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/

    Та Самая Статья https://www.nature.com/articles/nm.3985

    https://www.researchgate.net/publication/339351990_Decoding_evolution_an...

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17934078

     

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: спасибо

    до появления CoVID 19  мы радикально изменили свое понимание кое каких респираторных коронавирусных инфекций (повезло). Соответственно прогноз о том что это CoVID 19  в основном репродуцируется в кишечнике был дан в первые же дни и таки совпал :))

    Из этого вытекает необходимость пересмотреть подходы к лечению (кстати и здесь кое с чем удалось угадать).

    Математическое моделирование новой модели коронавирусной инфекции было бы полезно и в аспекте эпидемиологии и в аспекте лечения. У нас математиков нет... Можно, конечно подождать когда зарубежные математики, в рамках сотрудничества с зарубежными врачами создадут новые модели или поробовать тут в РФ.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Комментарий: Ну, что Вы...

    Александр Львович, как Вы могли помыслить, что рядовой член ОНР нарушает Основоной Закон Российской Федерации? - Метеорит-то, Бог послал с кокретной целью, которая нам неведома. Но Патриарх растолковал целеполагание, так что теперь все стало ясно.

  • 4 года 11 месяцев назад
    Автор: А.Л. Фрадков

    Неважно, произошел этот коронавирус от метеорита, чистых рук любопытных ученых или грязных рук создателей биооружия. Все это - проявление промысла Божьего. В это надо верить. А если не верите - нарушаете новый Основной закон Российской Федерации, который уже работает, поскольку принят двумя третями региональных парламентов. В нем написано, что предки передали нам веру в Бога. Значит, так оно и есть, даже если кто-то за это не проголосует. Не надо даже сомневаться в том, что сказал Патриарх. Изучайте свои гены-шмены, а небесных сфер не касайтесь!

Страницы

Подписка на Последние комментарии